Con la circolare 14/E del 2025 l’Agenzia delle Entrate ha fornito i primi chiarimenti operativi sul regime opzionale IVA applicabile alle prestazioni di trasporto, movimentazione merci e servizi di logistica, in attesa dell’autorizzazione comunitaria all’estensione del reverse charge prevista dalla legge di Bilancio 2025. Al centro dell’interpretazione fornita dall’Amministrazione finisce il ruolo determinante del codice Ateco 2025, sezione H, per individuare i soggetti che possono applicare il regime transitorio.

Il quadro normativo e la ratio del regime transitorio

La legge di Bilancio 2025 (articoli 1, commi da 57 a 63) ha introdotto una disciplina che estende il meccanismo del reverse charge anche al settore dei trasporti e della logistica, con l’obiettivo dichiarato di prevenire comportamenti fraudolenti nelle relazioni tra appaltatori, subappaltatori o imprese consorziate e i committenti in filiere complesse. In attesa dell’autorizzazione da parte del Consiglio dell’Unione Europea, il legislatore ha previsto un regime opzionale transitorio in cui resta il prestatore ad emettere fattura con IVA, ma al committente spetta il versamento dell’imposta direttamente all’Erario.

L’opzione, precisa la circolare delle Entrate, non è generalizzata ma si applica esclusivamente alle imprese che esercitano attività rientranti nei codici Ateco della sezione H (Trasporto e magazzinaggio). In altre parole, il codice di classificazione dell’attività diventa un elemento sostanziale per la legittimazione dell’opzione.

L’importanza del codice Ateco

La circolare chiarisce che è necessario fare riferimento alla classificazione Ateco 2025 per verificare se l’attività del committente rientra nell’ambito soggettivo del regime opzionale. Rientrano a esempio le imprese che operano nei servizi di trasporto terrestre di merci, nei servizi di logistica integrata, nella gestione di magazzini e nelle attività di movimentazione merci connesse. Analogamente, la disciplina comprende anche i soggetti che, pur operando in una catena di subforniture, svolgono funzioni riconducibili ai medesimi codici Ateco.

Un profilo operativo non secondario riguarda i contribuenti che, pur svolgendo nella sostanza attività riconducibili ai codici Ateco indicati, non hanno provveduto ad adeguare la propria classificazione ai sensi dell’articolo 35, comma 3, del decreto IVA. In tali casi l’opzione resterebbe potenzialmente preclusa fino a quando non si procede al corretto inquadramento Ateco, con effetti immediati sulla possibilità di beneficiare del regime transitorio.

Regole di fatturazione e annotazioni richieste

In base alla disciplina richiamata dalla circolare, la fattura dovrà essere emessa dal prestatore ai sensi dell’articolo 21 del decreto IVA, con indicazione dell’imponibile, dell’aliquota e dell’imposta. Il documento dovrà recare la dicitura: «Opzione IVA a carico del committente ex articolo 1, comma 59, legge n. 207 del 2024». Tale annotazione ha funzione documentale di richiamo normativo e consente l’identificazione, in chiave operativa, del trattamento fiscale prescelto.

Dal punto di vista contabile, il prestatore dovrà annotare queste fatture in modo distinto nel registro IVA vendite. Poiché l’imposta, pur esposta in fattura, non è incassata né liquidata dal prestatore, tale documento non concorre alla determinazione delle liquidazioni IVA periodiche (mensili o trimestrali), né a quella della dichiarazione annuale.

Versamento dell’IVA e adempimenti del committente

Nel regime opzionale, il soggetto che versa l’IVA in nome e per conto del prestatore è il committente. Il versamento avviene con modello F24, utilizzando il codice tributo “6045” e senza possibilità di compensazione. Il termine per il versamento coincide con il giorno 16 del mese successivo a quello di emissione della fattura, fatto coincidere con la data di trasmissione allo SDI.

Il committente, una volta versata l’imposta, deve annotare la fattura nel registro IVA acquisti per esercitare il diritto alla detrazione, nei limiti e secondo le regole ordinarie. Questa dinamica contabile richiede un sincronismo puntuale tra emissione, registrazione e versamento per evitare incongruenze nei flussi periodici.

Recupero dell’IVA non dovuta

La circolare si sofferma poi su un profilo di rilievo pratico: il recupero dell’IVA eventualmente indebitamente versata nell’ambito del regime opzionale. In applicazione dell’articolo 30‑ter, comma 2, del decreto IVA, il committente che ha versato in nome e per conto del prestatore potrà chiedere la restituzione di quanto indebitamente versato successivamente alla constatazione di un disconoscimento definitivo dell’imposta in sede di accertamento.

Le condizioni per ottenere il rimborso richiedono che la richiesta sia presentata entro il termine di due anni dal momento in cui l’accertamento è diventato definitivo e che il contribuente dimostri l’effettivo versamento dell’IVA indebitamente versata. È inoltre richiesto che la richiesta sia sorretta da elementi documentali idonei a provare la buona fede del soggetto che ha effettuato il versamento.

Impatti operativi e riflessi per le imprese

Il regime opzionale introduce diverse novità operative, tanto nell’area della fatturazione quanto in quella degli adempimenti dichiarativi. Il collegamento tra codice Ateco e possibilità di optare per il regime è un elemento di forte discontinuità rispetto alle regole ordinarie, perché impone un controllo preventivo e una corretta classificazione dell’attività ai fini fiscali.

Dal punto di vista amministrativo, le imprese che intendono avvalersi del regime transitorio devono predisporre non solo l’adeguamento dei sistemi di fatturazione elettronica per recepire l’apposita annotazione ma anche la gestione dei flussi contabili e fiscali connessi al versamento dell’imposta da parte dei committenti. In caso di omissioni o errori procedurali, infatti, possono sorgere contestazioni di natura fiscale e la perdita dei benefici del regime opzionale.

Le indicazioni della Circolare 14/E/2025, pur intervenendo in un quadro transitorio in attesa dell’autorizzazione europea al reverse charge, offrono una prima bussola interpretativa per gli operatori del settore, aiutando a definire profili operativi e rischi connessi alla gestione del regime opzionale IVA per i servizi di trasporto e logistica.